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在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3的教程

来源:建站教学网  时间:2019-09-09 10:24:33

Seurat  作为单细胞分析中的重量级R包,有多好用用,用过的人都知道。Seurat 分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法,包括filtering,tSNE,UMAP降维及画图等。还有一个重量级功能就是矫正不同实验之间的批次效应。然而Seurat 2和Seurat 3的矫正方法完全不一样,得到的结果也不一致。

Seurat 2是基于CCA (典型相关性)的,可以矫正肿瘤,外周血及癌旁组织间由于实验带来的批次效应,也能很好的矫正用不同的单细胞实验平台进行试验带来的批次效应。虽然速度慢,效果还是不错的。而Seurat 3 则是基于样本间具有相似表达谱的细胞群来进行矫正,对于同一种性质的实验,由于不同单细胞技术造成的实验批次效应,seurat 3 能够很好的矫正。从官网给的pancers矫正结果就可以看到其矫正能力多么强大。然而正式因为如此强大的矫正能力,对于肿瘤和外周血样本的矫正却过了头,导致不该分在一起的细胞具有了相似的基因表达谱。本人也是做了好几个课题,发现都存在这样的问题,因此果断放弃Seurat 3的矫正方法,继续用Seurat 2的。但是Seurat 3的 findmarker 这个功能可以一次计算10万以上的细胞不报错,而Seurat 2就不行,折衷的方案是同时安装 Seurat 2和 Seurat 3的包,在内存里切换数据,而不用写到本地后再用Seurat 3读取后升级。

尤其是对于动辄10几万个细胞来说,保存数据到本地这个操作要花费至少30min, 读取也要30min.

下面我就告诉大家不用读写到本地就可以在Seurat 2 和 Seurat 3之间完美切换,。

其实方法很简单,将Seurat 2和 Seurat 3 安装在不同的 library 里面就行了。

我已经安装好了,以我自己进行的自由切换为例:

> R.version        _             platform    x86_64-conda_cos6-linux-gnuarch      x86_64           os       linux-gnu         system     x86_64, linux-gnu     status                  major     3             minor     6.1            year      2019            month     07             day      05             svn rev    76782           language    R             version.string R version 3.6.1 (2019-07-05)nickname    Action of the Toes  

 我用的是最新的R版本 3.6.1很好用。

默认的library 是conda 自带的

> .libPaths()[1] "/data/home/heshuai/anaconda3/lib/R/library"

默认的Seurat是最新版的 Seurat 3

> library(Seurat)Registered S3 method overwritten by 'R.oo': method    from    throw.default R.methodsS3> packageVersion("Seurat")[1] ‘3.0.2'

我在另一个library 里安装了 Seurat 2

/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library

在两者间自由切换

1. 首先将 Seurat 2 所在的library 加载进来

> .libPaths("/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library")> .libPaths()[1] "/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library" "/data/home/heshuai/anaconda3/lib/R/library"      >

2. detach Seurat 3 后加载 Seurat 2, 因为这个时候Seurat 2 所在的library 已经在Seurat 3 之前了,系统会默认先加载Seurat 2

> detach("package:Seurat", unload = T)> library(Seurat)Loading required package: ggplot2RStudio Community is a great place to get help: https://community.rstudio.com/c/tidyverse.Loading required package: cowplot ********************************************************Note: As of version 1.0.0, cowplot does not change the default ggplot2 theme anymore. To recover the previous behavior, execute: theme_set(theme_cowplot())******************************************************** Loading required package: Matrix> packageVersion("Seurat")[1] ‘2.3.4'>  

现在Seurat 3已经成功的切换成Seurat 2了. 想要加载Seurat 3的时候,将默认library 换到Seurat 2的前面即可。

是不是 so easy ! 

总结

以上所述是小编给大家介绍的在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3的教程,希望对大家有所帮助,如果大家有任何疑问欢迎给我留言,小编会及时回复大家的!

责任编辑:自由哥

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